マグニートー（本名：エリック・マグナス・レーンシャー） (Magneto)
磁界王の異名を持つ最強のミュータントの一人。磁力を操り、あらゆる金属を意のままにする。核爆発に耐えうる電磁バリアを張ったり、地球の地磁気に影響を与えて地殻変動や地球の裏側の火山の噴火まで起こす。また、血中のヘモグロビンの鉄分を制御して他人の動きを操る。このように磁力の範囲は広範囲かつ尋常ではない強力さをもつ。ユダヤ人であり、第二次世界大戦時のホロコーストの生き残り。その時の非人道的な体験によって、冷酷な人格を持つようになる。人類はより優秀な生物であるミュータントに支配されるべきであるとの思想を持ち、かつての親友、プロフェッサーXと対立する。一時期、プロフェッサーXと和解してX-メンを指揮していたこともある。衛星軌道上にアステロイドMと名づけた秘密基地を保有している。X-メン時代は、のちのXフォースのメンバーで構成される若手グループ「ニューミュータンツ」の指揮もしており、彼らにとっては教師のような存在。ゆえに、Xフォースリーダーのケーブルには特別な敵意を持っている。コミックでは何度も若返っているため、実年齢と肉体年齢がかなり違う。クロスオーバーイベントであるハウス・オブ・Mの後、ミュータント能力を失っている。X-メンのシリーズ化にともないカリスマ性を帯びたキャラになったが、初期はよくいるただの超能力を私利私欲に使う小悪人であり、ファンタスティック・フォーなどに対してせこい作戦を弄して戦ったことがある。
チャールズ・エグゼビアが若い時にイスラエルで精神科医をしており、同じ病院の看護師をしていた。その縁からか、イスラエルの酒場のカウンターで一緒に酒を飲んでいたとき、チャールズ・エグゼビアの人生初の喧嘩を一緒にやることになる（ガラの悪い水夫達が足のない笛吹きを馬鹿にしたり酒をかけたりしてるのをチャールズが止め、喧嘩になる。その際にチャールズと一緒に14人の水夫と喧嘩になる）。カウンターで2人で酒を飲んでいたこのとき、「もしホモ・スペリオールなる人間が居たとしたら…」という話題で意見は割れるが、二人で「ホモ･スペリオールなる人間が居たとしてもまっとうに暮らせる世界」にしようと落ち着く。当時は非常に仲の良い友人で、マグニートは「あんたの話を聞いてるとなんでもできそうな気分になる」というようなことを語っている（酒場での話は「リージョンクエスト」にてプロフェッサーXがケーブルに語ってる回想シーン）。そして、リージョン（プロフェッサーXの息子）が現代からタイムトラベルしてマグニートを殺そうとするが、彼をかばったチャールズが誤って死んでしまう。これ時間軸が分岐することとなり、大きく変わったその歴史を「エイジ・オブ・アポカリプス(Age of APOCALYPSE/AoA）」と呼ぶ。チャールズの死によって、ミュータントによる適者生存を標榜するアポカリプスの侵攻が2000年早くなってしまった。AoA世界では、自分の身代わりになって死んだチャールズ・エグゼビアの遺志を継いで、アポカリプスに対抗するミュータントチームを創設。これにエグゼビアの名をとって、X-MENと名付け、自らも愛する者達や全ての命のために戦う。
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セイバートゥース（本名：ビクター・クリード） (Sabretooth)
ウルヴァリンと同じ超人兵士開発プロジェクトから生まれたミュータント。アダマンチウムで覆われた牙と怪力、超回復能力を武器とする。ウルヴァリンの過去（少なくともその一部）を知る人物。一時期はウルヴァリンの父親であるという偽の記憶を植えつけられていた。政治家「グレイドン・クリード (Graydon Creed) 」は、ミスティークとの間に生まれた実の息子（既に死亡している）。現在はX-メンに加入。映画には設定を変えて登場。
かつてテレパス能力をもち重火器の扱いに長けたミュータント・バーディーとコンビを組んで闘争本能の暴走を防いでいたが、グレイドンに殺害されている。日本ではゲームのセイバートゥースのサポートキャラ（一部の必殺技を出すと登場する）としての出演で有名。
ミスティーク（本名：レイブン・ダークホルム） (Mystique)
真紅の髪に青い肌を持つ女性テロリスト。全身の皮膚の形と色を自在に操り、服装こみでどんな人物にでも変装できる。現在はX-メンに加入。コミックではローグの養母にしてナイトクローラーとグレイドン・クリードの実母だが、映画ではこの設定は無い（なお、ナイトクローラーが兄である）。
トード（本名：モーティマー・トインビー（X-メンエボリューションではトッド・トランスキー）） (Toad)
短躯と醜貌に強いコンプレックスを持つ。トード（ヒキガエル）という通り名の通り、伸縮自在の強靭な舌と驚異的なジャンプ力、口から吐き出す粘着性の液が武器。
パイロ（本名：ジョン・アラダイス） (Pyro)
炎を自在に操る。但し発火能力は持っていないため、ライターや火炎放射器を持ち歩く。コミックではミュータントにのみ感染する致死性のウィルス、レガシー・ウィルスによって死亡した。映画版では元は『恵まれし子らの学園』の生徒でローグやアイスマンの同級生だったが、パート2ラストでミュータントを差別する人間（フラットスキャン）を見限りマグニートーの元に走る。
ジャガーノート（本名：ケイン・マルコ） (Juggernaut)
プロフェッサーXの義兄（彼の実父とプロフェッサーXの実母が再婚）。自分の実の父がチャールズばかりを可愛がる事を妬んで子供の頃から不仲であった。一度軍人になるも脱走し、その後、異教の魔神の力を秘めた赤い宝石「サイトラックの魔石」を偶然手に入れる。その魔力でハルク (Hulk) に比肩するほどの恐るべき突進力と破壊力、頑強な肉体を手に入れて現在の姿になった（あくまで石の魔力で超人になっているのであって、ミュータントではない）。あまり理性的、知性的な人物とは言いがたい。相棒のミュータント、ブラックトム (Black Tom Cassidy) が第二の突然変異を引き起こし、暴走した彼に殺されかけX-メンに助けを求めたのを機にプロフェッサーXと和解した。ダズラーという女性シンガー（元X-MEN所属のミュータント。当初は、ケインはそのことを知らなかった）の大ファンという一面を持つ。現在は、キャプテン・ブリテンがリーダーを務める「ニュー・エクスカリバー」に所属している。因みに、ダズラーも同チームのメンバーとなっている。なお映画ではこの設定は登場せず、同能力を持ったミュータントとして扱われている。
レディ・デスストライク（本名：ユリコ・オーヤマ） (Lady Deathstrike)
日本人。アダマンチウムの人体移植技術を開発したオーヤマ博士の娘。ウルヴァリンを自分の父の仇と信じ、スパイラルに自分もアダマンチウムの爪を持つサイボーグにしてもらい、ウルヴァリンを殺そうとする。ウルヴァリンとは異なり、腕の甲からではなく、指の爪が、アダマンチウムの爪に変化する。
映画には彼女、あるいは彼女のモデルとなるキャラ「ユリコ」が出てくる。ウルヴァリンと同じヒーリングファクターを持つなどやや異なる点がある。しかし、アダマンチウムを操れる人間の一人であるストライカー大佐に洗脳された彼の秘書、という点で非常に近い。最終的には、死闘の末、ウルヴァリンに溶解されているアダマンチウムを全身に流し込まれ、死亡した。
シルバー・サムライ（本名：ケンイチロウ・ハラダ） (Silver Samurai)
日本最大のヤクザ、ヤシダ家の総帥。銀色の甲冑に身をかため、エネルギー波を物質に発生させ、愛刀をタキオンブレードとしてあらゆるものを切断する能力を持つ。毒殺されたウルヴァリンの妻、マリコ・ヤシダの従兄。元X-メンメンバーでもある日本人ミュータント、サンファイアの親戚でもある。日本ではゲームの出演で有名である（映画には未登場）。本名は正しくは「Kenuichio Harada」だが、これはケンイチロウの誤植である。
スパイラル（本名：リタ） (Spiral)
番組視聴率が全てを支配する異次元世界（モジョ・バース）の支配者・モジョに作られた人工生命体。6本の腕を持ち、複数の刀剣類を同時に操る。日本ではテレビアニメとゲームの出演で有名（映画には未登場）。
ミスター・シニスター（本名：ナザニエル・エセックス） (Mister Sinister)
元々は19世紀の異端の生物学者であったが、その才能をアポカリプスに見込まれ、彼の弟子として不死の肉体を与えられＭｒ・シニスターとなる。その後自らが世界を征服したいという欲望に駆られ、アポカリプスと袂を分かち、アポカリプスを倒せる究極のミュータントを創造することを生涯の目標とし、それの創造に最も適しているのがサイクロップスとジーンの遺伝子にあると知り、当時ジーンを死んだと思っていたサイクロップスにジーンのクローンであるマデリーン・プライヤーを近づけネイサンを生ませるも皮肉にアポカリプスによって奪われてしまう。その後も諦めるこなく究極のミュータントを創造するべく暗躍していく中で、ストライフの負の遺産であるレガシーウィルスを世に解き放ってしまう。なお、普段は策士として暗躍するだけで自ら戦闘を行うことはないが『オンスロート』ではＸ－マンを奪うべく、抵抗するＸ－フォースをあっさり退けるなど、戦闘能力の高さを示した。日本ではテレビアニメの出演で有名（映画とゲームには未登場）。
アポカリプス（本名：エン・サバー・ヌール） (Apocalypse)
黙示録の名を持つ怪人物。分子構造を自由に操ることができ、自分の体を自由に変えられる。約800km/hのスピード（クイックシルバー並）、ハルク並の怪力を持つ。知能も大変高い。「適者生存」を信念として4人のミュータントからなる「黙示録の四騎士（フォーホースメン）」を指揮し、人類壊滅を目論む。プロフェッサーXがX-メンを創設しなかったパラレルワールド（エイジ・オブ・アポカリプスの世界）では世界を支配していた。もともとは古代エジプト時代の奴隷であったがミュータント能力に目覚め（ファンタスティック・フォーのライズ・オブ・アポカリプス）、主君であったオジマンディアスを配下にし、適者生存（自分が適者という前提）という理想の世界を目指す。不老（ないし超長寿）のミュータントである「エクスターナル」の一人。日本ではテレビアニメとゲームの出演で有名（映画には未登場）。冷酷な人格をしているが、瀕死のX-メンを見逃したり、自分と戦って勝ったアークエンジェルに殺されることを願ったりとその行動は私欲というよりは徹底して信念のためという美学を持つ大物悪役でもある。なおモイラを「ご婦人」呼び、自分に協力するインビジブル・ウーマンに対して敬意を示すなど女性の扱いもある程度心得ているようである。